中心为学术性研究管理机构，由学校单独设立编制，实行中心主任负责制，中心设有主任一名，执行主任一名、副主任两名、办公室主任一名、办公室人员两名。执行主任、办公室主任、办公室人员的职级按照马克思主义学院业务科级岗有关规定设置，专职从事西部生态文明研究中心运行和发展。中心内设立由国内外相关领域专家组成的学术委员会和顾问委员会。学术委员会主任、副主任和委员由成都理工大学聘任。本中心根据需要聘任名誉主任、顾问委员、客座研究员若干名。

中心下设行政办公室、习近平生态文明思想理论研究室、生态文明制度体系研究室、区域生态文明评价理论与实践研究、资料室等机构。中心负责聘请在生态文明领域有较深造诣的国内外专家、学者为特约研究员或客座教授，报成都理工大学批准。不定期聘请国内外专家作为中心专兼职研究人员。